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ISSN:1004-0374
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《生命科学》 2010, 22(8): 816-816
metagenome定名为“混杂基因组”为好
赵寿元
(复旦大学遗传学研究所,上海200433)
近年来,有关metagenome和metagenomics的报道日益增多,可是对这门新学科的中文定名却是五花八门,比如metagenome的译名有元基因组﹑宏基因组或超基因组等;相应地,metagenomics则分别译成元基因组学﹑宏基因组学或超基因组学。
在我看来,这些中文译名都未能贴切地反映出该学科的科学内涵,因而非但不能使读者望文生义地了解该学科的研究对象,反而徒增茫然之感。为此,在我编写的《基因和基因组专业词汇》(2010,复旦大学出版社)中将metagenome译为混杂基因组,metagenomics则相应地译为混杂基因组学。
混杂基因组是指一个生态小环境内各种生物体的基因组的总和,亦即指的不是某一种生物的基因组而是许多种生物体基因组混杂在一起的总体。这是从研究微生物基因组开始逐步发展形成的一门学科。众所周知,自然界内微生物的种类极多,比如人的肠道中和1克土壤中就有成百上千种微生物,如果能用基因组研究的常规操作一一获取每一种微生物的基因组全部信息,那当然是天大的好事。可是,这做不到。为什么?因为目前能在实验室的人工培养基上生长的微生物估计只占自然界微生物种类的百分之一左右。换句话说,我们拿不到百分之九十九的微生物的细菌菌落,这样也就无法分离纯化和研究每一种微生物的基因组,其结果
    

不仅是影响了人们对微生物世界的认识,而且也无法充分开发利用微生物的基因资源。
1998年,Handelsman等[1]创建了混杂基因组的研究方法,他们直接提取了土壤样品中的所有微生物的DNA,其结果是目前可以人工培养的和目前无法人工培养的所有微生物的基因组DNA混杂在一起,然后把这种混杂基因组DNA制备成混杂基因组文库(metagenomic library)。从这种基因组文库中虽然无法分离出每一种微生物的完整的基因组,可是却能从中分离出各种微生物的基因组DNA,其中包含了大量的、以前无法认识和克隆的新基因。
混杂基因组学的思路和技术已广泛应用于开发土壤、深海和极端生态环境中的生物基因资源;还用于比较研究不同疾病患者的肠道微生物的差别;了解已灭绝的生物,如猛犸、洞熊以及古人类(如尼安德特人)的基因组DNA和相关的基因等。混杂基因组学已在药物研制、环境保护、生物进化等诸多领域中取得了丰硕成果。
在了解上述情况后,不知能否获得认同将metagenome的中文定名为“混杂基因组”?


    

[参考文献]
[1] Handelsman J, Rondin MR, Brady SF, et al. Molecular biological accesses to the chemistry of unknown soil microbes: a new frontier for natural P products, Chem Biol, 1998, 5: 245-9

 
 
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